ガイアメモリがどうして生まれたのか。 Wの戦いがどうして始まったのか。 ときめからの問いに答えるため、翔太郎は静かに語り始める。 彼が憧れ、“おやっさん”と慕った師匠・鳴海荘吉との出会いと別れについて… 風の街・風都でガイアメモリの力を使う怪人・ドーパントが暗躍し始めた頃。 若き翔太郎は荘吉の探偵助手となり、半熟と呼ばれながらもその背中を追っていた。 探偵稼業の傍らでスカルとして秘密裏に活動する荘吉に、何も知らない翔太郎は焦燥感を募らせる。 そんな中、鳴海探偵事務所に一本の電話が… それは翔太郎たちを運命の夜へと誘う、地獄からの依頼だった!! 謎の依頼人からもたらされた“切り札”を届けるべく、荘吉の行方を追った翔太郎が見たものとは? 翔太郎&フィリップ。 二人で一人の探偵で、仮面ライダーWの始まりの夜。 その物語の全貌が、いよいよ明かされるーー
常磐ソウゴと桐生戦兎の世界に、異変が生じていた。まるで別人と入れ替わるように、仲間たちが次々と記憶を失っていくのだ。さらに、二人の前に現れたスーパータイムジャッカー・ティード。彼はアナザー電王とアナザーWという強力な手先を差し向け、一人の少年・シンゴを追っていた。シンゴを守る戦いの中で、ソウゴは仮面ライダー好きの青年アタルに出会う。一方ティードに単身戦いを挑んだ戦兎は、洗脳され操られてしまい…。 強大な敵を前にシンゴを救おうともがくソウゴたちだったが、そんな中アタルがある告白をする。「仮面ライダーは、現実の存在じゃない。」 彼は謎のイマジン・フータロスと密かに契約を結んでいた。
試作型ガイアメモリによる風都市民の暴走を食い止めていたWは、超能力を操る女性ミーナに突如襲われる。何とか彼女をなだめたWこと翔太郎とフィリップたちは、彼女からかつて風都タワーで死闘を繰り広げた宿敵・大道克己 / 仮面ライダーエターナルの意外な過去を知ることとなる。 遡ること数年前。羽原レイカを最後のメンバーに加えた、大道克己率いる傭兵部隊「NEVER」は、東南アジアの某国においてテロリスト掃討任務の最中、超能力兵士「クオークス」のミーナと遭遇し交戦。だが克己は、ミーナが深い苦しみを抱いて戦っていることに気付き、止めを刺さずに「お前を戦わせている奴は誰だ?」と問う。しかしそこに同じくクオークスであるロイドとシオンが現れ、ミーナを巡って交戦に。さらに仮面ライダーエターナル レッドフレアも現れ、敗北を喫した克己とレイカはクオークスの研究施設「ビレッジ」に連行されてしまう。 「ビレッジ」において過酷な生活を強いられているクオークス候補者たちを目の当たりにした克己は、クオークスの開発者であるドクター・プロスペクトを倒すことを決心するが……。
滅亡迅雷.netによるZAIAエンタープライズCEOリオン=アークランドの抹殺およびZAIAエンタープライズジャパン爆破事件を受け、A.I.M.S.隊長の刃唯阿は国防庁長官大門寺茂によって彼らが融合した仮面ライダー滅亡迅雷の破壊の指令を受けるも、なぜかそれを拒み続けていた。だが、彼らの次の標的にされた唯阿は不破諫とともに仮面ライダー滅亡迅雷と対峙するが、敢え無くその圧倒的な戦力の前に撤退を余儀なくされる。 一方、マスブレインシステムから解き放たれたソルドたちは、思考を重ねた末にそれぞれ異なる行動を起こす。大多数のソルドたちがヒューマギア原理主義を掲げて人類に反旗を翻してA.I.M.S.を狙う選択をし、A.I.M.S.本部を襲撃する一方で、ソルド9とソルド20は独自の行動を取る。 そんな中、諫は滅と最後に交わした会話を思い出し、彼らの真意に気づき始め、仮面ライダーバルカンとして一つの覚悟を決め、最後の使命を果たそうとする。
我们都忘记了、檀黎斗是诸恶之根源这件事—。 在剧场版「假面骑士EX-AID True Ending」(与「假面骑士平成世代FINAL」)的故事之后,过去了2年—— 恶之根源·檀黎斗逃狱后,出现了的新的威胁… 已经走上了各自的路途的骑士们,再次穿戴上了玩家驱动腰带!