ある日突然、小学生の久慈耕平のもとに5体の小さな人形が届く。人間の手のひらサイズの小さな人形たちは動き出し、アーサー、イザム、ウォルト、エジソン、オーディーンと名乗り、自分たちは正義の戦士ミクロマンなのだと語る。 5人の小さき戦士たちは、地球を支配しようと目論む悪の軍団アクロイヤーから地球を救うため、宇宙の果てのミクロアースからやってきたのだ。恐ろしき科学力と残忍さを有し強大な力を振るうアクロイヤーの陰謀を砕くため、小さな体に最強のパワーを宿すミクロマンと、彼らを助ける勇気ある地球の少年たちの戦いが始まった。 キャラクター設定などは1974年から発売されている人気玩具「ミクロマン」の1シリーズ、「ミクロマン マグネパワーズ」に基づいている。
つかの間の平和を謳歌する耕平と5人のミクロマンたち。しかし、耕平の家族が乗った旅客機が謎の消失を遂げてしまった。時を同じくして世界各地で建造物などが消失する怪現象が多発、悪の軍団アクロイヤーの仕業だと考えたアーサーたちミクロマンは、重力異常を感知した太平洋上に浮かぶ謎の島へ耕平を連れ急行する。そこで彼らを待ち構えていたのは、地球征服を企み全人類を消し去ろうとするアクロイヤー軍団最強の戦士・ゴルゴンであった! 『小さな巨人 ミクロマン』の劇場版アニメーションで、1999年夏の東映アニメフェアの1作として公開された。
宇宙商人マジャラの宇宙船で働いていたミドリは、ボロ靴の中に入っていたため、M7.8星に残されてしまう。ミドリをみつけたM7.8星のこどもたちは、ミドリとの友情を深めてゆく、やがてマジャラがミドリを連れ戻しに来るが、M7.8星のこどもたちと仲良くなっているミドリに気づき、ミドリをM7.8星に残して去っていく。