哥斯拉vs机械哥斯拉

1992年、留まることのないゴジラ被害に対応すべく、国連はG対策センター（U.N.G.C.C： United Nations Godziila Countermeasure Center）、および対ゴジラ部隊Gフォース（G-FORCE）を筑波に設置した。G対策センターは海底からメカキングギドラを引き揚げ、23世紀のテクノロジーを解明、分析。そこから得られた技術を元に究極の対ゴジラ兵器メカゴジラが完成した。 折しもベーリング海のアドノア島で翼竜の化石が見つかり、国立生命科学研究所の古生物学者である大前裕史を中心とした調査隊が出向。そこには翼竜の巣があり、孵化した後の卵の殻と孵化していない卵があった。調査隊は卵をヘリコプターの中に持ち込み分析していたが、巨大な翼竜・ラドンが姿を現す。逃げ惑う調査員たちに追い討ちをかけるかのごとく今度は海からゴジラが姿を現し、ラドンと戦い始める。調査員たちは卵と共に辛くも島を脱出、持ち帰った卵を京都の国立生命科学研究所に持ち込んだ。 無類の翼竜マニアのGフォース隊員・青木一馬は国立生命科学研究所を訪ねるが、そこで卵を観察していた研究員・五条梓に追い返されてしまう。だが、その際に悪戯心から研究室から持ち帰った植物から、三枝未希が奇妙な波動を感じとる。精神開発センターで調査した結果、植物から音楽樣のテレパシー波が発信されていることが判明。さらに、その再現されたメロディが国立生命科学研究所で再生されると同時に、卵が突如孵化を始める。卵からは翼竜ではなく、ゴジラザウルスの幼獣であるベビーゴジラが誕生。この卵はゴジラザウルスのものであり、翼竜の巣に托卵されていたのである。 その直後、同族であるベビーゴジラを探すために、ゴジラが四日市市に上陸する。Gフォースはメカゴジラの出撃命令を下し、鈴鹿山中で両者は激突。メカゴジラの猛攻によりゴジラは圧倒されあと一歩のところまで追い詰められるが、突如メカゴジラの機関室にトラブルが発生し機能停止に陥ったことで形勢が逆転。メカゴジラやGフォースの防衛線を突破したゴジラはそのままベビーのいる京都に進撃し国立生命科学研究所を襲うが、地下の細胞保存室に移されていたベビーゴジラを感知することは出来ず、諦めて大阪湾へ去った。 ゴジラがベビーゴジラを求めていることを察したGフォースは、梓たちの反対を押し切り、ベビーを囮にしてゴジラをおびき出す作戦に出る。そしてベビーは梓の付き添いのもと、空輸コンテナで運ばれるが、時を同じくして復活したファイヤーラドンが飛来し、ベビーゴジラと梓の入ったコンテナを奪取して千葉の幕張へ降り立つ。駆け付けたガルーダや修復が完了したメカゴジラによりラドンは撃退されるが、そこに同族であるベビーゴジラを保護するためにゴジラが出現。再び両者は幕張の地で激闘を開始する。